各大医院来说，污水中病菌的含量是比较高的，如果排放不当会造成病菌感染，处理各种污水的医疗废水处理设备必须有消毒这一步骤，常用的消毒方法有这几种：
1.：臭氧法
臭氧是一种高效消毒剂，能够脱色除味，也能氧化降解有机物。由3个氧原子构成的臭氧分子，由于其不稳定的性状特征，在溶于水之后将分解产生性质十分活泼、具有强氧化性的新生态原子氧，能够迅速分解水中微生物和有机物，单原子氧与水结合生成羟基自由基，具有强氧化性和催化性，能充分降解水中有机物，其反
应如下：
O3→O2+[O]
[O]+H2O→2[OH]
因为臭氧拥有很高的还原电位，能够破坏分解细菌的细胞壁、细胞膜、组织结构的蛋白质、核糖核酸等，终杀死细胞。此外，臭氧还能有效除藻杀菌，经过研究表明，传统的氯化消毒对水中有些致病菌如隐孢子虫和贾地鞭毛虫等的灭活效果较差，而臭氧的灭活效果较好。
2：紫外线法
研究表明紫外光在UVC(280~200nm)的波段具有良好的杀菌效果，260nm附近具有高的杀菌效率。其原理是通过紫外线光子的能量破坏水体中各种细菌、病毒以及其他致病微生物的遗传物质DNA、RNA，光子的能量可以使得DNA中各种结构键断裂或发生化学聚合反应，从而达到使其失去活性丧失继续复制转录的能力，达到消毒的目的。因此紫外线消毒法是一种物理消毒法，无需任何化学药剂，也避免了化学残留和副产物的二次污染问题。
紫外线消毒法优点如下：快速高效，占地面积小，安全性高，易于管理维护，使用中无需添加任何药剂，无消毒副产物残留;广谱杀毒，对病毒、细菌等病原体微生物均有效果;与化学法相比，受到环境影响小，性能稳定;投资小，运行费用低，维护简便。但其缺点也很明显，不具有持续的消毒能力，当水体离开紫外照射区域后，残存细菌可能再度繁殖污染水体;当水中悬浮物过多，要吸收紫外线能量，是消毒效果难以保障;抗水力负荷能力弱，水两边打，辐射能力难以调节，接触时间变短，消毒效果差。
以上两种方法是目前比较常见的消毒方法，针对不同医疗污水情况，应选择不同的医疗废水处理设备。
