工业发酵废水中具有浓度高、成分复杂，含有大量的难降解和有毒有害物质，水质情况往往随着生产的变化发生较大的变化。其中抗生素发酵废水和糖蜜酒精发酵废水是工业发酵废水中具有代表性的量大而难降解废水。
处理难降解废水工艺，处理成本高，排放到自然环境，会破坏生态平衡，必须谨慎对待这一类工业废水处理。很多工业生产产品时，需经过发酵，同时会产生大量的发酵废水。
处理高浓度发酵废水，常用的方法是生物方法，但是往往要辅以物理和化学的处理方法才能达到排放标准。
生物方法中又分为好氧和厌氧，一般来说，高浓度有机废水仅靠厌氧和好氧很难达到排放标准。厌氧能降解浓度高难降解物质，耐冲击负荷，大幅度削减COD，提高水质可生化性。好氧借助厌氧工艺进一步处理中低浓度的有机废水，大幅度降低COD、BOD和其他杂志，使出水水质达到要求。所以处理高浓度发酵废水需要采用厌氧一好氧工艺。
当然，工业发酵废水的循环利用和资源化处理，不但能解决工业废水处理的问题还能变废为宝，节约资源和能源，为企业创造利润。目前，许多学者已经通过研究对这一类废水进行资源化利用，包括回收成分，用作其他产品的材料，用作能源、肥料等。资源化利用不仅减少二次污染，还能增加盈利，实现治理和利用双赢的效果。
